Vakcinose naudojami mikroorganizmai arba jų dalys yra vadinami antigenais. Jų baltymų sandara skiriasi nuo žmogaus, todėl imuninė sistema juos atpažįsta, sukeldama imuninį atsaką bei suformuodama imunitetą sukėlėjui, t. y. atsparumą. Tam, kad imuninės sistemos elementai galėtų atpažinti antigeną, turi vykti uždegiminė reakcija antigeno patekimo vietoje. Uždegimo vietoje esančios biologiškai aktyvios medžiagos skatina antigeną prezentuojančių ląstelių chemotaksį t.y. judėjimą ir koncentraciją antigeno patekimo vietoje. Šios ląstelės „suvalgo“ antigeną, jo dalis „parodo“ savo paviršiuje ir nukeliauja į limfmazgius. Limfmazgiuose esančioms b latęlėms antigeną prezentuojančios ląstelės perduoda informaciją apie antigeną. B ląstelės pradeda daugintis ir dalintis į dviejų tipų ląsteles: antikūnus gaminančias ir atminties ląsteles. Atminties ląstelės tarnauja kaip rezervas, kuris antrą kartą „susitikęs“ antigeną pradės gaminti antikūnus ir taip užtikrins savalaikį ir pakankamą jų kiekį, kad nugalėtų infekciją. Antikūnus gaminančios ląstelės užtikrina antikūnų, kurie atitinka antigeną t.y. sugeba su juo jungtis (specifiškumas) gamybą. Specifiški antigenui antikūnai jungiasi su į organizmą patekusiu infekcijos sukėlėju, prieš kurį jie buvo pagaminti ir taip padeda jį neutralizuoti. Jei infekcijos sukėlėjas yra virusas, antikūnai jungiasi prie jo ir neleidžia pastarąjam patekti ir užkrėsti ląstelių. Jei tai bakterija – antikūnai „paženklina“ ją ir taip sudaro sąlygas kitoms imuninės sistemos ląstelėms – makrofagams, T limfocitams bakteriją sunaikinti.
Vakcinos antigenas turėtų sukelti imuninį atsaką, panašų į tikrą (natūralų) ligos sukėlėją.
Informacija iš Vikipedijos